Это обычный архив, который вы я думаю не раз встречали, сокращения jar приобрело от слов Java Archive. Это обычный ZIP архив, в котором содержатся части программы, не обходимые для её запуска. Сами файлы закодированы и открытие их вам ничего не даст, а вот JVM их открывает при запуске jar архива, что и приводит к работе запускаемой программы. В самом архиве могут содержать библиотеки и классы, так же папки с необходимыми файлами для запуска, иконки, файлы изображений, один из самых главных файлов необходимый для запуска это MANIFEST.MF в котором указывает главный класс программы, номер версии JAR.